Il testo dell’art. 124 era il seguente: «Un commissario del Governo, residente nel capoluogo della Regione, sopraintende alle funzioni amministrative esercitate dallo Stato e le coordina con quelle esercitate dalla Regione». Con questo articolo, l’Assemblea istituì la figura del «commissario di Governo», il cui compito era quello di fungere da coordinamento fra il Governo e le Regioni (per esempio, il commissario trasmetteva al Governo le leggi regionali).
L’istituzione del commissario originò un dibattito sull’abolizione del prefetto (l’organo che rappresenta il Governo a livello territoriale): l’Assemblea, però, preferì rinviare la questione al legislatore ordinario. Tuttavia, furono numerosi gli interventi che sottolinearono la contrarietà della maggioranza dell’Assemblea nei confronti della conservazione del prefetto. L’on. Emilio Lussu (Gruppo Autonomista) affermò: «[…] resti ben chiaro che noi sempre abbiamo lavorato nella sottocommissione nel senso che l’istituto prefettizio scompare e che non esisterà più, con l’ordinamento autonomistico, il prefetto nelle Province». L’on. Giuseppe Grassi (Unione democratica nazionale) dichiarò: «Non v’è dubbio che, dato il nuovo ordinamento regionale, la figura del prefetto, così come è stata concepita nel passato, non può mantenersi».