Circa l’art. 104, il dibattito si focalizzò sul primo comma poiché una parte dei deputati era contraria alla definizione della magistratura come «ordine autonomo e indipendente».
L’on. Luigi Preti (Gruppo Socialista dei lavoratori italiani), per esempio, propose di abolire il comma affermando: «[…] gli ordini autonomi e indipendenti nello Stato moderno non esistono [e] riconoscere un pieno autogoverno della magistratura significa creare uno Stato nello Stato, o per lo meno una casta chiusa, intangibile».
All’on. Preti rispose l’on. Meuccio Ruini (Gruppo Misto): «[…] dicendo che un dato ordine, l’ordine della magistratura, deve essere indipendente, e cioè non deve dipendere da un altro potere dello Stato, e che deve essere autonomo, ossia disporre di sé per ciò che riguarda il suo stato, come personale dei magistrati, non diciamo cosa che non sia costituzionale e democratica. Che la magistratura sia sottratta alla dipendenza e alla influenza del Governo è un’esigenza e una conquista della democrazia. L’affermazione qui fatta non implica che vengano meno tutte le altre funzioni del ministro della Giustizia».

L’art. 104 afferma l’indipendenza della magistratura «da ogni altro potere» e stabilisce che il principio di indipendenza caratterizza la magistratura nel suo complesso (ovvero, non è limitato ai singoli giudici).
La Corte costituzionale ha riconosciuto che l’indipendenza dell’ordine giudiziario si fonda sul principio della separazione dei poteri, ma, allo stesso tempo, ha sostenuto che tale indipendenza non deve tradursi in una conflittualità fra poteri, bensì deve prevedere una «leale collaborazione».
L’autonomia della magistratura è garantita dal Consiglio superiore della magistratura (CSM), che è presieduto dal Presidente della Repubblica ed è composto da 16 membri togati (eletti dai magistrati ordinari fra gli appartenenti alle diverse componenti della magistratura) e da 8 membri laici (eletti dal Parlamento in seduta comune tra i «professori ordinari di università in materie giuridiche» e gli «avvocati dopo quindici anni di esercizio»). Inoltre, fanno parte del Consiglio il primo presidente e il procuratore generale della Corte suprema di Cassazione (l’organo che rappresenta il giudice di ultima istanza in Italia).