Il testo dell’articolo suscitò un animato dibattito poiché una buona parte dei costituenti erano contrari agli istituti dell’amnistia (un provvedimento di clemenza avente carattere generale che dispone la cancellazione del reato) e dell’indulto (un provvedimento di clemenza avente carattere generale che determina la cancellazione della pena).
L’on. Giovanni Leone (Democrazia cristiana) si dichiarò favorevole all’abolizione dell’amnistia e l’on. Giuseppe Codacci Pisanelli (Democrazia cristiana) propose di concedere l’amnistia e l’indulto solamente attraverso una «legge di natura costituzionale».
L’Assemblea approvò l’articolo dopo aver stabilito il divieto di applicare l’amnistia o l’indulto ai reati commessi successivamente alla presentazione del provvedimento di clemenza e aver statuito la necessità della maggioranza dei due terzi di ciascuna Camera per l’approvazione della legge di concessione dei provvedimenti di clemenza.

L’amnistia e l’indulto derivano dal potere di clemenza che affonda le radici nel diritto romano ed è stato una prerogativa tipica dei sovrani assoluti. Secondo un orientamento della dottrina, la loro natura è discutibile in quanto si tende a escludere che a essi «possa essere riconosciuto carattere generale ed astratto».
La formulazione originaria dell’articolo prevedeva che l’amnistia e l’indulto venissero concessi dal Presidente della Repubblica su delega delle Camere: questo aveva provocato un uso eccessivo dei due provvedimenti di clemenza, a cui si faceva ricorso per risolvere il problema del sovraffollamento delle carceri e per ridurre il sovraccarico di lavoro degli uffici giudiziari.
Nel 1992, l’art. 79 è stato modificato con una legge costituzionale che ha affidato il potere di concedere i provvedimenti di clemenza esclusivamente al Parlamento e ha imposto – come ulteriore freno – la maggioranza dei due terzi per l’approvazione della legge di concessione.